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  臺北市政府(以下簡稱本府)環境保護局(以下簡稱本局)為保護臺北市(以下簡稱本市)生活環境,提高市民生活品質,其組織的變革,莫不以防治公害、維護環境清潔為考量。
  民國57年7月1日本市改制為院轄市,本局係以前「臺北市水肥處理委員會」及原屬衛生局之「清潔大隊」為基礎。於同年10月23日成立環境清潔處,設一至四科,主計、人事二室,辦理空氣、水污染防治及垃圾、水肥清運處理,督導考核、主計、人事等事項。下設水肥處理大隊,16個區清潔隊,1個保養廠。
  民國59年5月增列家禽、家畜禁止飼養及取締職掌,增設安全室,60年5月增加檢驗室、總務室及研究發展考核室等三室;62年6月裁撤研究發展考核室,保養廠修正名稱為修車廠。
  嗣因政府鑒於環境污染日益嚴重,必須積極保護環境,推行公害防治,改善國民生活環境,當作政務上之重要措施,行政院乃於68年4月19日第1627次會議通過「加強臺灣地區環境保護方案」。本案中規定省及院轄市需設置環境保護局,本府乃奉行政院71年5月10臺71衛字第7567號函核定,於民國71年7月1日將環境清潔處改制,成立環境保護局。並增加噪音、振動與病媒、毒性物質管制等項業務,增置第二科。
  民國72年續增設垃圾衛生掩埋場。為加強違反環境保護法規案件稽查、取締、告發執行及裁決事項,於73年2月1日增設衛生稽查大隊為附屬機關。
  75年5月增設第四科,以規劃日益重要之垃圾處理、垃圾處理工程等業務,並增置副局長1人。
  76年5月1日成立內湖垃圾焚化廠,該廠不但是國內首座焚化廠,亦為當時14項重要經濟建設之一。其成立目的,乃利用現代化之設備及最新焚化技術,以減少垃圾體積,節省掩埋空間,有效控制二次污染,並回收能源。
  復因應「焚化為主,掩埋為輔」的政策及有效紓解本市日益嚴重垃圾處理問題,爰於78年7月1日及80年7月1日相繼增設木柵、士林垃圾焚化廠(84年8月7日配合行政區域調整改名為北投垃圾焚化廠),82年12月闢建山豬窟掩埋場。
  92年4月為配合本府組織自治條例之制定,總務室改設為秘書室。
  105年8月新增「綜合企劃科」與「氣候變遷管理科」,解決環保局20餘年來新興環保法令由臨時任務編組主政之不正常狀態,並因應當前氣候變遷與環境議題日受重視的業務需求。依體例將科室名稱以業務功能性命名,「第一科」更名為「空污噪音防制科」,「第二科」更名為「水質病媒管制科」,「第三科」更名為「環境清潔管理科」,「第四科」更名為「廢棄物處理管理科」,「第五科」更名為「資源循環管理科」,並依職業安全衛生法、勞工健康保護規則及其相關規定,將「第六科」更名為「職業安全管理科」,「垃圾衛生掩埋場」更名為「廢棄物處理場」。修車廠應修車業務委託民間機構辦理予以裁撤、水肥處理隊改設為公廁管理隊及資源回收隊,並將所屬衛生稽查大隊更名為環保稽查大隊,以更前瞻性之組織規劃,迎接更嚴峻之環境保護挑戰,並以更高效率、更低成本來滿足市民對環保之需求,提供更優質之環保服務。